审讯组官员对张文祥使用酷刑，不堪折磨的张文祥终于又交代出一点东西。他声称自己参加过太平军。接下来，又无后话。

一周后，魁玉将军上奏朝廷，说案犯供词“一味闪烁”“语言颠倒”。根据案犯自称参加过太平军的供述，已将其女儿张宝珍、儿子张长福及舅母罗王氏拿获。

魁玉的这道奏折，俨然是为了应付朝廷。无论如何，案情终归有了进展。可是，朝廷方面对魁玉的奏折十分恼火，奏折中根本没有他们想要的东西。关于案犯“一味闪烁”“语言颠倒”的供词也无具体说明。

由此，朝廷方面开始对这位魁玉将军产生了怀疑。难道魁玉在偏袒案犯吗？

朝廷方面很快做出决定，派出时任漕运总督的张之万，赶赴江宁府会审。

10月7日，漕运总督张之万。第二天，张之万便传见审案小组的各司道府官员。了解情况后，张之万亲自提审张文祥。让各司道府官员颇感疑惑的是，在整个审讯过程中，张之万都没有对张文祥动刑。张文祥自然也未交代出更有价值的材料。

张之万不对张文祥动刑原因很简单，他担心万一不小心将案犯拷打致死，无法向朝廷交代。

这个时候，江宁府的官员们都已经明白了一件事情，此案的背后一定有幕后策划、主使者。而幕后主使者敢派刺客杀害两江总督，自然也不是一般人。张之万更明白这一点。因此，无论这一大案子怎么审、怎么了结，都讨不到好。审不出幕后主使者朝廷不答应，马新贻的家人也不会答应。

在这种情况下，张之万能做的就是等待。他要等来一个人。这个人就是朝廷8月发出的四道谕旨中，执行第二道谕旨的曾国藩。

张之万想把这个头痛棘手的案子移交给曾国藩。可是，曾国藩始终没有到来。一向办事雷厉风行的曾国藩为什么一反常态，拖延时日，迟迟不启程呢？

张之万找不答案。无奈之下，他上奏朝廷，说案犯张文祥死不招供，甚至当面拷打其子女也不心软。最后，张之万还是请朝廷放心，他一定能够了结此案。

又过了一个月，朝廷方面仍未收到结案的消息，震怒之下，责备张之万和魁玉办事效率低下，并警示二人：马新贻遇刺遇刺案已历时四个月，若再延误，后果自知。

12月9日、12日、18日朝廷又连下三道谕旨催促结案。魁玉和张之万终于承受不住压力，共同编造了一份结案报告。报告上说：张文祥交代，自己是一个海盗，因为马新贻在浙江“剿灭”了他的同伙，张文祥为了给同伙报仇，所以刺杀马新贻。这个交代大概可信。

这份报告让朝廷方面啼笑皆非，一桩震动朝野的人命大案，竟然用“大概可信”来敷衍搪塞。

朝廷方面对魁玉和张之万彻底失望。案犯拒不交代，从马新贻最后口述的遗疏中也不看不出任何端倪。马新贻在遗疏中只说明了两件事情：第一，向同治皇帝汇报工作，并特意指出，自己在担任两江总督期间，前总督曾国藩和李鸿章给予了极大的帮助，因此才有了今天的成绩；第二，马新贻谈到曾国藩正在处理的天津教案。马新贻声称，当自己听到天津刁民冲进外国人教堂滋事时，恨不得亲自去将那些刁民处死，只是自己职位所在，也只好天天生气罢了。

对于自己遇刺的事，马新贻在遗疏中却轻描淡写，一笔划过，只是留下一个令人匪夷所思的疑问句：为什么一个我不认识的人要杀我？